A Universidade Federal do Maranhão ocupa a quadragésima quarta posição no Ranking Universitário Folha, RUF, das instituições pública de ensino superior. A UEMA, Universidade Estadual do Maranhão, é a 114ª do ranking.
A listagem da Folha, que mesclou indicadores de pesquisa e de inovação e a opinião do mercado de trabalho e de pesquisadores renomados, avaliou 188 instituições de escolas de ensino superior.
Além da UFMA o RUF inclui apenas outras instituição do estado do Maranhão, a Universidade Virtual do Estado do Maranhão, pertecente à rede estadual, penúltima colocada no ranking.
Confira o que avaliou o Ranking 2012 (Saiba mais sobre o RUF aqui):
| Nome da universidade | UF |
| Q.de Ens. | Q. de Pes. | Av. do Mer | Ind. de inovação | Nota total |
|
44º | UFMA MA |
|
| 0,47 | 38,14 | 8,26 | 2,29 | 49,16 |
114º | Uema | MA | | 0 | 16,57 | 7,24 | 1,16 | 24,97 |
187º | Univima |
| | MA 0 | 0,47 | 0 | 0 | 0,47 |